Il tema fondamentale del film è il rapporto tra apparenza e realtà. «Hai mai fatto un sogno tanto realistico da sembrarti vero?» chiede Morpheus a Neo durante il loro primo, decisivo colloquio. «E se da un sogno così non ti potessi più svegliare, come potresti distinguere il mondo dei sogni da quello della realtà?».
E del resto, «Che vuol dire reale?» domanda ancora Morpheus. «Dammi una definizione di reale. Se ti riferisci a quello che percepiamo, a quello che possiamo odorare, toccare e vedere,quel reale sono solo semplici segnali elettrici interpretati dal cervello». A questo punto si potrebbe ipotizzare che siano realtà anche oggetti inesistenti in sé, ma che esistono sotto forma di stimoli artificialmente prodotti. Se l'illusione è come la realtà, è anzi l'unica realtà percepibile, senza alcuna possibilità di uscirne, perché considerarla ancora illusione?